共有ライブラリlibpthreadがNetBSD 5.Xではlibpthread.so.0でNetBSD 6.0ではlibpthread.so.1になります。
新たにlibpthreadをリンクするものはlibpthread.so.1がリンクされるのですが、依存関係からpthread.so.0をリンクしている共有ライブラリ(例えば/usr/pkg/lib/にある以前buildしたもの)をリンクしようとする場合、場合によってはlibpthread.so.0とlibpthread.so.1の両者をリンクしてしまうことがあります。そうすると起動に失敗してしまいます。
この問題はpthreadに限らず他のライブラリも可能性としてはあります。
対策としてはpkgを再ビルドということになります。
というわけで必要そうなものを再ビルドを行いました。
結論としてはNetBSD 6.0系にする場合はアップデートではなくプレーンインストールのほうがオススメです。
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